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Les formes de vie présentes dans le microbiome intestinal d’un enfant pourraient être liées à l’autisme, selon une nouvelle étude évaluée par des pairs.
Des chercheurs de Hong Kong ont analysé des échantillons de selles de plus de 1 600 enfants âgés de 1 à 13 ans, atteints ou non de troubles du spectre autistique (TSA), afin d’identifier les différences dans les types et les quantités de microbes intestinaux chez les enfants atteints de TSA, par rapport à ceux des enfants non atteints de TSA.
Ils ont identifié 14 archées, qui sont similaires aux bactéries, 51 bactéries, sept champignons, 18 virus, 27 gènes microbiens et 12 voies métaboliques qui étaient altérés chez les enfants autistes.
À partir de ces données, les chercheurs ont identifié 31 combinaisons – appelées “signatures biologiques” par le New York Times – de bactéries, d’archées, de champignons, de virus, de gènes microbiens et de voies métaboliques qui semblaient être des biomarqueurs de l’autisme.
“La prévalence et l’abondance relative de ces 31 marqueurs diffèrent de manière significative entre les enfants considérés comme neurotypiques et les enfants atteints de TSA”, indiquent les chercheurs dans leur article publié le 8 juillet dans Nature Microbiology.
Qi Su, chercheur à l’université chinoise de Hong Kong et auteur principal de l’étude, a déclaré au Defender que des tests simples – comme l’analyse d’échantillons de selles à la recherche des 31 marqueurs – pourraient aider les médecins à diagnostiquer l’autisme.
Su et ses coauteurs ont utilisé l’apprentissage automatique pour montrer que le test de présence des 31 marqueurs pouvait indiquer avec précision si l’enfant était atteint ou non de TSA.
Les chercheurs ont constaté que la recherche des 31 marqueurs était plus efficace pour diagnostiquer les TSA que la recherche d’un seul type de microbe, et que les résultats des tests étaient très précis, quel que soit le sexe ou l’âge de l’enfant, indiquent-ils dans leur rapport.
Ces résultats pourraient également servir à mettre au point des traitements pour les TSA, a déclaré M. Su, car l’étude “met en lumière la manière dont le microbiome intestinal – composé de bactéries, de champignons et de virus – pourrait influencer les TSA”.
“Comprendre quels microbes sont déséquilibrés chez les enfants atteints de TSA pourrait ouvrir la voie à des traitements personnalisés”, explique Su. “Par exemple, des régimes alimentaires, des probiotiques (bactéries bénéfiques) ou d’autres thérapies pourraient être adaptés pour rétablir un microbiome intestinal sain et éventuellement améliorer les symptômes.”
Les enfants autistes ont des microbes intestinaux moins diversifiés
Pour cette étude, les chercheurs de Hong Kong ont d’abord identifié les facteurs – tels que le régime alimentaire, les médicaments et la comorbidité – susceptibles d’avoir un impact sur la santé intestinale de l’enfant.
“La composition du microbiote intestinal étant largement influencée par des facteurs environnementaux et des facteurs liés à l’hôte, nous avons analysé l’impact de 236 facteurs liés à l’hôte sur la composition du microbiome intestinal afin de déterminer les facteurs de confusion potentiels.
Sur les 236 facteurs, ils en ont identifié 21 qui avaient un impact significatif sur la composition du microbiote intestinal. Tout en tenant compte de ces facteurs pertinents, ils ont analysé les échantillons de selles des enfants afin d’identifier les changements dans la diversité du microbiote intestinal entre les enfants considérés comme neurotypiques et les enfants atteints de TSA.
Dans l’ensemble, les enfants autistes présentaient une diversité moindre d’archées, de bactéries et de virus que les enfants non atteints de TSA.
Les communautés bactériennes dans l’intestin étaient particulièrement réduites chez les enfants atteints de TSA, ont-ils ajouté.
Les chercheurs ont reconnu que leur étude avait des limites. Elle n’a pas examiné les facteurs génétiques susceptibles d’être liés à un diagnostic de TSA.
Bien qu’ils aient inclus certains facteurs de confusion dans leurs analyses, ils ont déclaré qu’il était possible que d’autres facteurs n’aient pas été mesurés et qu’ils aient pu fausser leurs résultats.
Ils ont également encouragé la réalisation d’autres études sur les 31 marqueurs afin de s’assurer qu’ils peuvent être utilisés pour diagnostiquer avec précision les TSA.
Il s’agirait d’une étape nécessaire avant que les fabricants ne mettent au point un outil de diagnostic des TSA permettant d’évaluer la composition biologique des selles d’un enfant.
Jusqu’à présent, la Food and Drug Administration des États-Unis a approuvé deux tests de diagnostic de l’autisme basés sur un logiciel de suivi des yeux, selon le Times.
Brian Hooker, docteur en sciences et directeur scientifique de Children’s Health Defense, a déclaré au Defender qu’il aurait préféré que les chercheurs testent un outil “prédictif” de l’autisme qui pourrait être utilisé avec de très jeunes enfants et des nourrissons pour promouvoir des interventions et des pratiques visant à prévenir la régression autistique, car plus de 80 % des enfants autistes connaissent une régression.
L’étude aurait également été plus solide si les chercheurs avaient examiné l’évolution du microbiome intestinal des enfants au fil du temps, a-t-il ajouté.
Une étude plus utile, selon Hooker, consisterait à suivre le microbiote intestinal au cours de la régression pour : premièrement, comprendre tout changement dans la composition microbienne et, deuxièmement, trouver des corrélations entre le microbiome “pré-régression” et les diagnostics ultérieurs d’autisme.
Les bactéries intestinales ne sont pas les seules en cause
Le Dr James Neuenschwander, président d’un groupe professionnel appelé Medical Academy of Pediatric & Special Needs, qui s’occupe d’enfants atteints de TSA et de maladies chroniques complexes, a déclaré au Defender que l’étude était importante parce qu’elle analysait des microbes de plusieurs règnes.
Des recherches antérieures, dont une étude du Dr Andy Wakefield, ont montré que les bactéries intestinales des enfants autistes diffèrent de celles des enfants non atteints de TSA.
“Cela confirme en quelque sorte que ce ne sont pas seulement les bactéries qui sont différentes”, selon le Dr
Neuenschwander, qui a déclaré qu’il évaluait couramment les niveaux de bactéries chez ses patients atteints de TSA et qu’il adaptait les traitements en fonction des résultats.
Neuenschwander a souligné que les types de biote inclus dans l’étude – tels que les champignons, les bactéries et les virus – sont très distincts les uns des autres parce qu’ils appartiennent à des règnes différents.
“Ce n’est pas comme la différence entre un mammifère et un poisson. C’est comme la différence entre un mammifère et une levure”, a-t-il déclaré.
William Parker, docteur en sciences, qui étudie l’autisme depuis plus de dix ans, a également salué l’étude pour son “analyse plus détaillée” que les études antérieures.
“Plus de 40 études ont montré des différences entre ce que nous appelons le biote – toute la vie qui se trouve dans l’intestin – des personnes si vous comparez les personnes autistes aux personnes non autistes”, a déclaré M. Parker à The Defender. “Cette étude y contribue.
Explorer le lien entre le cerveau et l’intestin
Su et ses coauteurs ont déclaré que leurs données n’étaient pas suffisantes pour suggérer un lien de cause à effet entre les TSA et la prévalence et l’abondance de différents microbes intestinaux.
“Il est difficile d’établir un lien de causalité, mais certaines études animales ont confirmé que la modification du microbiote intestinal peut influencer le comportement et induire des symptômes semblables à ceux des TSA chez les souris”, a déclaré M. Su.
Lui et ses coauteurs soupçonnent que les modifications du microbiote exacerbent les symptômes de l’autisme.
Su et Neuenschwander ont tous deux souligné que les interventions thérapeutiques visant à modifier le microbiote intestinal, telles que les probiotiques, ont produit des résultats bénéfiques pour les enfants autistes.